Prologue:

L'alchimie est une science qui permet de dématérialiser la matière et de la reconstruire d'une autre manière en la transmutant, mais à condition que ces deux matières aie la même masse. C'est le principe de l'échange équivalent  (principe d'équivalence dans le manga). Ainsi on pouvait changer du simple plomb en or. Mais les enseignements qui se font sans douleur n'ont pas de réelle valeur...

Histoire:

Edward (l'aîné) et Alphonse Elric (le cadet) sont deux frères qui vivent seuls avec leurs mère dans un petit village nommé Resembool. Ils pratiquent l'alchimie l'ayant appris dans les livres de leurs père, Honneheim, qui a abandonné sa femme et ses enfants quand il étaient petits. Trisha Elric, leur mère est contente de les voir pratiquer l'alchime car ils lui rappellent Honneheim. Mais un jour, celle-ci meurent de désespoir en attendant son retour. Ed et Al, alors agé respectivement de 11 et 10 ans, tente l'alchime interdite, la transmutation humaine, pour rescussiter leur défunte mère. Leur tentative tourne au vinaigre. La jambe gauche de Ed est appée par les forces de l'Alchimie ainsi que le corps tout entier de Al ! Edward sacrifie alors son bras droit et scelle l'âme de Alphonse dans une grosse armure grâce à du sang. Alphonse ,en armure, emmène Edward chez Pinako Rockbell et sa petite-fille Winry, des poseurs de protèses. Elles dotent Ed de deux membres mécaniques des Auto-mails très perféctionnés. Les frères Elric agés de 15 et 14 ans partent à la recherche de la pierre philosophale, permettant de passer outre la loi d'équivalence et ainsi pouvoir retrouver leurs corps d'origine...